Situé à l’aval du cheminement de l’eau, le littoral subit l’ensemble des pollutions et les variations quantitatives ou qualitatives d’arrivée d’eaux douces continentales. La majeure partie des polluants d’origine urbaine, agricole ou industrielle, rejetés dans l’environnement, parvient donc au milieu marin, soit indirectement par les rivières, le ruissellement, soit directement par les rejets en mer.
La conformité de certaines zones de baignades en mer dépend aussi de la qualité des eaux continentales qui s’y déversent.
Un certain nombre de nappes d’eau souterraines entretiennent d’étroites relations avec les rivières (nappes alluviales) et les zones humides. Une baisse du niveau d’eau dans ce type d’aquifère est susceptible d’entraîner une baisse du niveau d’eau dans les écosystèmes associés. Ce phénomène peut avoir des conséquences importantes sur la vie aquatique et sur les équilibres de la faune et de la flore.
Les zones humides, les mares et étangs, tourbières, cours d’eau, vallées, etc. sont autant de milieux de vie, qui vont être également influencés par la qualité de l’eau.
Certaines espèces animales et végétales sont particulièrement sensibles aux pollutions du milieu, tels le poisson : la Grande Alose (Alosa alosa), et la plante : l’Utriculaire commune (Utricularia vulgaris). Dans les cours d’eau, le développement excessif de la végétation (= eutrophisation, lié à l’enrichissement abusif en nitrates et en phosphates) modifie également l’équilibre des écosystèmes.
Les zones humides sont un des milieux les plus riches de la région par leur diversité et leur productivité biologique. Plus du quart des plantes protégées en Poitou-Charentes appartient à ce type de milieu.
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L’eau est l’une des caractéristiques paysagères de la région. Elle lui confère de nombreux paysages singuliers, rencontrés nulle part ailleurs, comme la Venise Verte (secteur très localisé du Marais poitevin) ou le Pinail (près de Poitiers).
Les marais littoraux sont également très présents. Enfin, les principaux cours d’eau (Clain, Charente, Thouet, Sèvre Niortaise, Vienne, etc.) contribuent au dessin des paysages de vallées, particulièrement riches et diversifiés dans la région.